胃カメラ・大腸カメラの費用は医療費控除の対象になる？｜人間ドックで見つかったときの扱いと、年内に支払うかどうか｜横浜市横浜駅前の消化器内科・婦人科・内科

2026年09月29日

消化器内科、肛門内科ブログ

胃カメラ・大腸カメラの費用は医療費控除の対象になる？｜人間ドックで見つかったときの扱いと、年内に支払うかどうか

胃カメラや大腸カメラの費用は医療費控除の対象になるのか。同じ検査でも、症状があって保険診療で受けた場合と、症状がなく健診や人間ドックとして受けた場合とでは扱いが変わります。そして、その健診で重大な病気が見つかって治療に進んだときには、扱いがもう一度変わります。この3つの場合分けを、国税庁が公開している情報をもとに整理します。

保険診療の胃カメラ・大腸カメラは、対象になる医療費に含まれます

症状があって受診し、保険診療で行う胃カメラ・大腸カメラは、医療費控除の対象となる医療費のうち「医師または歯科医師による診療または治療の対価」にあたります。国税庁のタックスアンサーNo.1122は、この診療・治療の対価を対象の1番目に挙げており、健康診断の費用や医師への謝礼金は原則として含まれないとしています。当院の内視鏡検査は保険診療で行っており、症状がある場合や便潜血陽性の場合がこれにあたります。

症状がなく健診・人間ドックで受けた場合は、原則として対象外です

一方、症状がなく健診目的で自費診療として受ける検査や人間ドックは、医療費控除の対象になりにくい費用です。国税庁の質疑応答では「健康診断等の費用は、疾病の治療を行うものではないので、原則として医療費控除の対象とはなりません」とされています。当院でも、症状がなく健診目的の場合は自費診療となる案内をしており、この線引きがそのまま医療費控除の判断にも重なります。人間ドックは当院でも実施していますが、健診として受ける以上は、まずこの原則が基本になります。

区分	医療費控除の扱い
保険診療の内視鏡（症状がある・便潜血陽性など）	対象になる医療費に含まれる
健診・人間ドックの内視鏡（症状なし・自費）	原則として対象外
健診・人間ドックで重大な疾病が見つかり、引き続き治療を行った場合	その健診・ドックの費用も対象になるとされている（該当するかは税務上の判断）

ただし、重大な病気が見つかり治療に進んだ場合は対象になります

この原則には例外があります。同じ質疑応答は続けて、健康診断等の結果、重大な疾病が発見され、かつ、その診断等に引き続きその疾病の治療を行った場合には、その健康診断等は治療に先立って行われる診察と同様に考えることができるとし、その健康診断等のための費用も医療費控除の対象になるとしています。人間ドックの胃カメラや大腸カメラで病気が見つかり、そのまま治療につながった場合は、健診・ドックにかかった費用も対象に含められる余地があるということです。ただし、見つかったものが国税庁のいう「重大な疾病」にあたるか、引き続き治療を行ったと言えるかは、医療の判断ではなく税務上の判断になります。健診だけで終わった年と、治療に進んだ年とで扱いが変わる、という点をおさえておいてください。

なお、検査そのものの金額の目安は、費用の記事でご案内しています。ここでは医療費控除の対象になるかどうかの整理に絞ります。

控除額は、補てんされた分を差し引いて計算します

控除額は、実際に支払った医療費の合計額から、生命保険の入院給付金や健康保険の高額療養費など「保険金などで補てんされる金額」を差し引き、さらに10万円（総所得金額等が200万円未満の人は、その5パーセント）を差し引いた金額です。上限は200万円です。補てんされる金額は、その給付の目的となった医療費を限度として差し引くもので、引ききれない分を他の医療費から差し引くことはしません。

通院費は対象になり得ますが、ガソリン代・駐車料金は対象外です

検査を受けるための通院費も、通常必要な範囲であれば対象に含まれます。ただ、交通手段には注意が要ります。電車やバスなどの公共交通機関が利用できない場合を除き、タクシー代は対象に含まれません。自家用車で通院する場合のガソリン代や駐車場の料金も、対象にはならないとされています。当院は横浜駅きた西口から徒歩約3分の場所にあり、公共交通機関だけで通院できる方が多い立地です。

通院費の扱い

○ 電車・バスなど公共交通機関の運賃
× 自家用車のガソリン代・駐車場の料金
×（原則）タクシー代　※公共交通機関が利用できない場合を除く

「支払った年」で、申告する年が変わります

医療費控除は、その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費が対象です。未払いの医療費は、現実に支払った年の対象になります。つまり同じ検査でも、年内に支払いを終えるか年明けにずれ込むかで、申告する年がひとつ変わってきます。当院は12月29日から1月3日まで年末年始休診としており、10月から12月は内視鏡の予約枠が埋まりやすく、12月分は例年11月のうちから埋まり始めます。その年分の医療費控除に含めるつもりなら、支払いが年内に収まるかどうかを逆算して予約の時期を決めることになります。年末までのスケジュールの立て方は年内に検査を終えるための逆算スケジュールで詳しく説明しています。

支払うタイミングと申告する年

12月中に支払い

→ その年分の医療費控除

1月1日をまたいで支払い

→ 翌年分の医療費控除

※ 当院の年末年始休診は12月29日〜1月3日です。

出し忘れていても、5年間は還付申告ができます

還付を受けるための申告書は、確定申告の時期とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出できます。医療費控除は、この還付申告の対象になる代表例のひとつです。数年前に受けた検査の分を申告し忘れていても、まだ間に合う場合があります。

手続きの流れと、税務のご相談について

手続きは、医療費の領収書をもとに「医療費控除の明細書」を作成し、所轄税務署に確定申告書とあわせて提出します。健康保険から届く医療費通知（医療費のお知らせ）があれば、添付することで明細書の記載を簡略化できます。提出後も、確定申告期限などから5年を経過する日までは、領収書の提示や提出を求められる場合があるため、保管しておくと安心です。ここから先の当てはめは、実際の申告内容や個々の事情によって変わる税務の領域になります。私たち医療機関が確認できるのは診療の内容までで、当院の受付では税務のご相談には対応できません。詳しい判断は、国税庁のページや所轄税務署、必要に応じて税理士にご確認ください。

よくあるご質問

健診で受けた胃カメラの費用は、医療費控除の対象になりますか？
症状がなく健診目的で自費診療として受けた検査は、原則として対象外です。ただし、その健診で重大な病気が見つかり、引き続き治療を行った場合は、健診にかかった費用も対象になり得ます（国税庁タックスアンサーNo.1122 質疑応答Q1）。

保険診療で受けた大腸カメラは対象になるって本当？
はい。医師による診療・治療の対価として、医療費控除の対象となる医療費に含まれます。

検査費用を12月中に払うか、年明けに払うかで何が変わるの？
医療費控除は実際に支払った年が基準になります（未払い分は支払った年の対象）。12月中に支払えばその年分、年明けにずれれば翌年分の申告になります。

通院にタクシーを使ったら、その料金も対象になりますか？
電車やバスなどの公共交通機関が利用できない場合を除き、タクシー代は対象に含まれません。自家用車のガソリン代や駐車料金も対象外です。

数年前に受けた検査の申告を忘れていたけど、もう遅い？
還付申告はその年の翌年1月1日から5年間できます。出し忘れていても、まだ間に合う場合があります。

当院へのアクセス（横浜駅から徒歩3分）

横浜駅前ながしまクリニックは、横浜駅から300m・徒歩3分（横浜モアーズから徒歩2分）の場所にあります。診療は月曜〜土曜で、日曜・祝日は休診です。横浜駅からの道順はアクセスページで写真つきでご案内しています。胃カメラ・大腸カメラのご予約・ご相談は胃カメラ検査・大腸カメラ検査のページからどうぞ。

参考文献

国税庁タックスアンサー No.1120「医療費を支払ったとき（医療費控除）」（令和8年4月1日現在法令等） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1120.htm（2026年9月27日確認）
国税庁タックスアンサー No.1122「医療費控除の対象となる医療費」（令和8年4月1日現在法令等） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1122.htm（2026年9月27日確認）
国税庁 No.1122 質疑応答「人間ドック・健康診断等の費用」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1122_qa.htm（2026年9月27日確認）
国税庁タックスアンサー No.2030「還付申告」（令和8年4月1日現在法令等） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2030.htm（2026年9月27日確認）